La sfârșitul secolului al XIX-lea a crescut numărul manifestărilor antisemite din Hârlău. Pe acest fundal, jumătate din evreii din localitate au emigrat între anii 1899-1900 către alte țări, în special în America, apoi către Palestina. Dinamica comunității din această perioadă stă mărturie în acest sens: 2.254 evrei (adică 56,6% din populație) - 1886, 2.718 (adică 59,9%) - 1899 și doar 2.023 - 1913 (49,6%).
La sfârșitul secolului al XIX-lea existau în Hârlău cinci sinagogi. Sinagoga Mare din Hârlău a fost construită în perioada anilor 1814-1815, după cum atestă o inscripție aflată pe clădirea locașului de cult. Pe scara de piatră a balconului se află o placă cu motive decorative iudaice, printre care și doi lei. Între cei doi lei se află inscripția "תקעה" semnificând anul evreiesc "5575", care se suprapune peste perioada 15 septembrie 1814 - 4 octombrie 1815 din calendarul creștin. Mai jos, se află o altă inscripție în limba ebraică și anume: "ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם", transliterată "Veasu li mikdaș veșehanti betoham". Acest citat reprezintă un pasaj din Tora în care Dumnezeu îi poruncește lui Moise: "Să-Mi faci locaș sfânt și Eu voi locui în mijlocul lor" (Ieșirea, 25:8).
Lăcașul de cult are cinci încăperi, iar sala mare are picturi realizate de Șloima Mendel în anul 1924. Sinagoga Mare avea în Aron Kodesh ("Arca Sfântă") 50 de suluri ale Torei.