"Binecinstitorul și de Hristos iubitorul, Io Ștefan voievod, din mila lui Dumnezeu domn al Țării Moldovei, fiul lui Bogdan voievod, a făcut aceste case, care s-au început a se zidi în anul 6994 (1486) luna...20 și s-au sfârșit în același an, septembrie 15"

Reședința domneasca din Hârlău a fost una dintre cele preferate ale domnitorului moldovean, mai ales către sfârșitul domniei. La 12 iulie 1499, Ștefan cel Mare a semnat la Hârlău Tratatul de pace cu polonii regelui Ioan Albert. La Curtea domneasca din Hârlău au locuit și urmașii lui Ștefan cel Mare. După cum relateaza Grigore Ureche aici a fost ucis în aprilie 1523 hătmanul Luca Arbore, acuzat de trădare de domnitorul Ștefăniță Vodă (1517-1528). După cuvintele cronicarului, „într-acest an, în luna lui aprilie, în cetatea Hârlăului, Ștefan vodă au tăiat pre Arburie hătmanul, pe carile zic să-l fie aflat în viclenie, iară lucrul adevărat nu să știe”.
Printre domnitorii care au locuit aici se află îndeosebi Petru Rareș (1527-1538, 1541-1546), care a construit în apropierea curții o biserică cu hramul "Sf. Dumitru". Aici s-au emis hrisoave domnești și s-au încheiat tratate de pace sau de alianță.

Rolul Curții domnești de la Hârlău s-a diminuat după ce domnitorul Alexandru Lapusneanu (1552-1561, 1564-1568) a mutat capitala Moldovei la Iași, unde a construit o curte domnească.
Între anii 1624-1626, ca urmare a arderii curții domnești din Iași la 2 octombrie 1624, domnitorul Radu Mihnea (1616-1619, 1623-1626) s-a mutat la reședința domnească de la Hârlău, aducând unele îmbunătățiri sub influența arhitecturii italiene, dupa cum ne informează Marco Bandini în 1636, și extinzând curtea domnească de aici. Voievodul Radu Mihnea a murit aici la 20 ianuarie 1626, corpul său neînsuflețit fiind apoi transferat de fiii lui la Mânăstirea Radu Voda din Bucuresti.